Unabhängig von der fachlichen Ebene ist es bisher nicht gelungen, das Projekt Artenfilter so zu kommunizieren, dass es in der Anwendung auf seinen ursprünglichen Zweck beschränkt bleibt, nämlich die Erstellung von Standardmischungen mit geringeren naturschutzfachlichen Anforderungen ohne fachlich-botanisches Hintergrundwissen.
Stattdessen wird der Filter selbst bei regionalen, komplexen Ansaatvorhaben vorgeschrieben und führt dann zum Wegfall vieler typischer Pflanzenarten, die erst einen regionalen Charakter der Ansaat ermöglichen würden.
Der Artenfilter wird zudem den aktuellen Anforderungen der Wiederherstellung von Habitaten zum Aufhalten des Artenschwundes nicht gerecht. Er verhindert vorbeugend jeglichen Einsatz von Arten, die potenziell als naturschutzfachlich problematisch angesehen werden könnten. Dabei werden riesige Potenziale bei der Verbesserung oder Neuanlage von Habitaten verschenkt, da jede fehlende Art auch eine Vielzahl von Insekten ausfallen lässt.
Der zurzeit wohl weitreichendste ungünstige Effekt des Artenfilters ist die Vorgabe, diesen bei der Sammlung von Arten zur Weitervermehrung (Regiosaatgutanbau) als Voraussetzung anzuwenden. Damit werden selbst Arten, die für einen eng begrenzen, regionalen Einsatz produziert werden sollen, aus dem Markt entfernt.

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